RT-qPCR 在基因表达检测及定量中使用极为广泛。传统的 RT-qPCR 虽然有一步法,但是涉及到样本 RNA 提取,过程繁杂,影响因素较多,检测通量很低。该试剂盒是免提取一步法 RT-qPCR 检测试剂盒,细胞洗涤后,直接加裂解液裂解,裂解液直接用作模版进行 RT-qPCR 扩增,从细胞准备到 PCR 结束可以在不到两小时的时间内完成,程序标准化,大大缩短了检测时间及影响因素,大大增加了检测通量。
本检测试剂盒为探针法(TaqMan probe), 正式检测前 PCR 各参数需要先进行优化验证,以保证检测特异性及灵敏度。本检测试剂盒不包括 DNA 酶处理,因为 DNA 酶处理存在消化不完全的可能,残留 DNA 模板依然可能影响后期定量,同时 DNA 酶处理还存在灭活不完全的可能,残留 DNA 酶活性可能影响后期 PCR 扩增的 DNA 定量。因此,引物设计时需要以 RNA 序列为依据,扩增产品需要至少覆盖 2 个外显子,确保扩增系统不能以 DNA 为模板进行扩增,而只能以 RNA 为模板进行扩增。
1.细胞准备:待检测孔细胞需要在25至15000个细胞范围内。贴壁细胞吸去培养液后,用室温的DMEM无血清培养液洗涤一次,弃洗涤液后,加细胞裂解液。悬浮细胞离心吸去培养液后,用室温的DMEM无血清培养液洗涤一次,弃洗涤液后,加细胞裂解液。
2.细胞裂解:96孔培养板每孔加50μl L试剂,384孔培养板每孔加10μl L试剂,轻拍培养板数次,室温振摇10至15分钟。细胞裂解产物(lysate)使用完之后需要尽快放回2~8℃保存,低温保存时间不超过8小时。不建议长期保存细胞裂解产物。
3.RT-qPCR准备:按下列次序准备20μl 反应体系:10μl B试剂,4μl E试剂,2μl 引物探针mix,2μl 细胞裂解产物模板,2μl 无酶水。20μl 反应体系中细胞裂解产物不建议超过2μl 。
4.RT-qPCR扩增:逆转录42~50℃,20~30分钟,然后95℃1分钟。qPCR参数需要根据特定的目标基因及引物序列的预实验结果确定。以下是一个housekeeping基因的扩增设定,供参考:
逆转录:45℃,20分钟;然后95℃1分钟。
PCR扩增:94℃20秒,56℃20秒,65℃20秒(收集荧光信号),35~40个循环;然后72℃3分钟。
5.必要时进行熔解曲线分析。
6.结果分析。